在现实世界，18年过去了。而当玩家重回神河，却会发现那里已是逆神之战的千余年后。摩天大楼在母圣树的树荫下拔地而起，樱花盛开在霓虹灯闪耀的街头，翱翔在天空的不只有精怪和飞鸟，还有机甲与悬浮机车。在千年后的神河，赛博忍者漆月魁渡要找到失踪的皇帝，查清一个威胁到隐世、灵魂与机械之间微妙平衡的谜团。

《神河：霓朝纪》既传承了古老神河的元素，又引入了诸多前所未有的新机制。重新回归的“忍术”异能让玩家可以悄然溜过对手的防线，给予他们致命一击；在之前几个环境大受玩家喜爱的双面牌也在《神河：霓朝纪》有了全新的面貌：传纪牌在完成使命后会变为结界生物，为玩家提供额外增益。而全新的“重配”关键字极具赛博色彩，具有该异能的单卡既能装配到其他生物上作为强大的武具，又可以作为生物登场。

为了让玩家们在进入这个光怪陆离的全新世界时更具代入感，《神河：霓朝纪》还推出了多种牌张处理的新技术，以及由著名画家绘制的异画卡牌。